1. Nei porti di Brindisi e di Taranto è autorizzata l'istituzione di zone franche doganali in attuazione del regolamento (CEE) n. 2913/92 del Consiglio, del 12 ottobre 1992, che istituisce un codice doganale comunitario, e successive modificazioni, e del regolamento (CEE) n. 2454/93 della Commissione, del 2 luglio 1993, che reca disposizioni per l'applicazione del citato regolamento (CEE) n. 2913/92. La regione Puglia con proprio provvedimento, su proposta delle amministrazioni comunali interessate, individua i soggetti gestori delle zone franche doganali.
2. Alla delimitazione delle aree delle zone franche doganali si provvede, in accordo con la regione Puglia, con decreto del Presidente del Consiglio dei ministri, di concerto con i Ministri dell'economia e delle finanze, delle infrastrutture e dei trasporti. La delimitazione costituisce, a tutti gli effetti, modifica ai piani regolatori generali dei comuni interessati. Le spese per la costituzione e per la realizzazione delle zone franche doganali sono poste a carico della regione Puglia.
3. Per la realizzazione di opere infrastrutturali di ampliamento, di ammodernamento e di riqualificazione dei porti di Brindisi e di Taranto sono autorizzati limiti di impegno quindicennali di 6 milioni di euro per ciascuno degli anni 2006 e 2007 a valere sulle risorse di cui al comma 2 dell'articolo 36 della legge 1o agosto 2002, n. 166; si applicano le disposizioni dell'articolo 9 della legge 30 novembre 1998, n. 413. In particolare la spesa è prioritariamente destinata:
a) all'adeguamento del terminal container nel porto di Taranto;
b) all'adeguamento del terminal passeggeri e alla realizzazione delle opere di supporto al terminal per idrocarburi nel porto di Brindisi.